灵活就业者怀孕后，可以通过以下步骤报销生育医疗费用：

参加职工基本医疗保险

灵活就业人员需要参加职工基本医疗保险，按照规定享受生育医疗费用待遇，但不享受生育津贴。

办理产前检查备案

自2024年10月1日起，妊娠期间产前检查医疗费用纳入医保基金支付范围。参保人可通过医保经办窗口或“粤医保”小程序办理产前检查备案，备案审核通过后，产前检查医疗费用实行联网结算。

住院报销流程

灵活就业者在医保定点医疗机构生孩子产生的检查费、手续费、住院费等，符合医保目录内的费用，可以通过医保卡进行报销。报销流程包括携带医保卡到定点医院就诊，办理住院登记手续，垫付医疗费用，然后凭借相关材料到社保部门申请报销。

报销生育医疗费用

灵活就业者在享受职工基本医疗保险待遇期间，因产前检查、住院分娩、流产、引产以及分娩住院期间治疗因生育引发的并发症、合并症等产生的符合职工生育保险支付范围的医疗费用，可以由职工基本医疗保险统筹基金支付。

准备报销材料

参保人需要准备有效身份证件、就医发票、费用清单、社会保障卡、相关病历资料等材料到医保经办部门办理报销。

注意报销时限

如果参保人怀孕期间未办理备案或产检待遇享受期内存在未报销的合规医疗费用，需要在规定时间内提供相关材料到医保经办部门办理报销。

建议灵活就业者在怀孕前和怀孕期间及时了解当地医保政策，确保按时办理备案和报销手续，以顺利享受生育医疗费用待遇。