灵活就业人员的缴存基数计算方式如下：

养老保险

灵活就业人员参加企业职工基本养老保险时，缴费基数可以在当地社会平均工资的60%至300%之间选择适当的缴费基数，缴费比例为20%。

缴费金额 = 社会平均工资 × 档位 × 20%。

计入个人账户 = 社会平均工资 × 档位 × 8%。

医疗保险

灵活就业人员参加医疗保险时，一般需要按照当地社会平均工资的一定比例来缴纳保费，这个比例一般在6%至10%之间，具体比例由当地政策规定。

缴费基数 = 社会平均工资 × 比例（6%-10%）。

住房公积金

灵活就业人员应当按月缴存住房公积金，缴存基数由个人申报，缴存基数不低于当地上一年度最低工资标准，不高于当地上一年度城镇非私营单位就业人员月平均工资的3倍。

例如，东莞市规定灵活就业人员的缴存基数不得低于2080元。

建议

选择合适的缴费基数：灵活就业人员应根据自己的经济状况和当地政策选择合适的缴费基数，以平衡缴费负担和待遇水平。

关注政策变化：社保政策可能会有所调整，建议定期关注当地人社部门的通知，以确保缴费基数的准确性。

咨询专业人士：如有疑问，可以咨询当地社保机构或专业人士，以获得更详细和准确的信息。