更换就业协议书中的公司，需要遵循以下步骤：

与原单位协商

与原签约单位进行充分沟通，解释需要更换公司的原因。

征得原单位的同意，这通常需要原单位出具书面同意解除就业协议的文件，并在原就业协议书上注明同意解除，签字并盖章。

提交申请

向学校就业指导机构递交申请，说明更换公司的原因，并附上原单位同意解除协议的书面文件。

经学校批准并登记后，交回旧协议书，领取新协议书。

与新单位签约

与新单位签订正式的劳动合同，明确双方的权利和义务，包括工作内容、工作时间、薪酬待遇等。

办理劳动关系转移

原公司应将劳动者的劳动关系转移至新公司，包括社保、公积金等的转移办理，确保劳动者的权益不受影响。

办理人事调整手续

携带原单位及其主管部门盖章同意解除就业协议的证明和新单位及其主管部门盖章的接收证明，到原单位和新单位所属人事行政部门办理调整手续。

注意合同期限和试用期

新合同的期限应根据实际情况确定，同时要注意试用期的规定，避免因试用期问题引发纠纷。

建议

提前沟通：与原单位和新单位进行充分沟通，确保双方对更换公司的细节达成一致。

保留证据：在整个过程中，妥善保管好所有书面凭证和沟通记录，以备不时之需。

遵循法律：确保所有操作符合《劳动合同法》等相关法律法规的规定，保障自身的合法权益。

通过以上步骤，可以顺利完成就业协议书中公司的更换。