如果就业协议书损毁了，可以按照以下步骤进行补办：

提交书面补办申请：

向学校提交书面的补办申请，说明协议书损毁的情况，并请求补发新的协议书。

登报声明作废：

于就近的报刊登报声明作废。

学校审核：

学校的招生就业办对申请进行审核，审核通过后，补发新的就业协议书。

此外，如果毕业生不慎丢失就业协议书，还可以按照以下流程进行补办：

到学院开具证明：

到所在学院开具相关证明。

办理挂失：

到《甘肃日报》办理挂失（学校有代办点），挂失报纸的报头、版头和挂失内容需剪下粘贴于申请表背面。

就业中心办理：

持《补办就业协议书申请表》到就业中心办理。

打印新的《就业协议书》：

就业中心打印新的《就业协议书》。

学院盖章：

到学院盖章。

与用人单位签约：

与用人单位签约。

学校就业中心盖章：

到学校就业中心盖章。

在线录入：

毕业生登陆“签约在线录入系统”进行在线录入。

学院登记：

到学院登记，并将其中2份协议书交学院留存。

建议：在补办就业协议书时，请确保所有步骤都按照学校和相关机构的要求进行，并保留好所有相关的证明文件，以备后续使用。