南京大学（南大）和南京医科大学（南医大）都是中国顶尖的学府，考研难度都相对较高。以下是一些具体的比较：

南京大学医学院

考研难度较大，在多个排名中均位列前十。

作为C9联盟高校，南京大学所有专业的考研难度都不容易，医学院同样如此。

考研竞争激烈，难度进一步提升。

南京医科大学

考研难度也较大，尤其在医学专业方面。

南京医科大学的医学教研和医学实力都很强，培养出了很多优秀的医学大学生，很多医院都挂有其附属医院。

南方医科大学在全国100所高校考研难度排行榜中位于第55位，录取难度系数是86.70，显示出其录取难度系数远高于50%。

建议

选择学校和专业：如果你对医学专业有浓厚的兴趣，且希望在南京或广东地区发展，南京医科大学是一个很好的选择。如果你对综合性大学的教育资源和研究环境有更高的要求，南京大学也是一个值得考虑的选项。

提前准备：无论是南大还是南医大，考研竞争都非常激烈，建议提前了解并准备好充分的复习材料，同时关注官方招生信息，以便更好地应对考研挑战。

综合考虑，两所学校的考研难度都较大，具体哪个更难可能因个人情况（如专业、兴趣、目标等）而异。建议根据个人实际情况和目标选择合适的学校，并提前做好准备。