南京审计大学提供多个学科的专业教育，其中 审计学是其王牌专业之一，涵盖了微观经济学、宏观经济学、管理学、经济法、税法、管理信息系统、统计学、会计学、财务管理、财务会计、成本会计、管理会计、审计学原理、企业财务审计、内部控制学、经济效益审计、信息系统审计、审计案例、建设项目审计、审计管理等课程。此外，学校还提供会计学、金融学、国际经济与贸易等专业，这些专业也颇具特色。