关于《老九门》中神秘火车的来历，综合剧情和搜索结果分析如下：

一、火车来源与外观特征

来源推测

火车从日本方向驶入长沙，车身被铁皮封死，车厢内满是面部朝下的尸体，尾部有一口传说中的“哨子棺”。结合剧情和历史背景，最有可能与日本人的秘密实验有关。

外观特征

- 车身锈迹斑斑，像是从废铁站开出；

- 车厢被铁皮焊接封闭，仅能从车尾进入。

二、车内尸体的真相

身份争议

- 部分观众猜测棺材内可能是张起灵（小哥），但剧情中并未明确提及；

- 另有推测称棺材中装的是张家成员，可能与矿山秘密实验的牺牲品有关。

死亡原因

- 日本人曾在此地做秘密实验，可能涉及毒气或古墓机关，导致车厢内人员死亡。但部分剧情暗示可能与陨石或神秘物体有关。

三、与剧情发展的关联

日本人的目的

- 日本人可能利用这列火车运输实验样本或尸体，或将其作为引诱张启山、二月红等人的陷阱，以解开矿山中的未解之谜。

后续发展

- 佛爷等角色发现火车后展开调查，但剧情未明确揭示火车的最终用途或谜底，留下悬念。

四、现实中的类似场景

杭州铁路驾校附近曾有一处废弃火车站，可拍摄类似场景的照片，但与剧中设定无关。

综上，老九门中的火车是日本秘密实验的产物，可能用于运输实验样本或作为陷阱，其具体细节仍需结合剧情进一步探讨。