舒伯特的死亡原因在历史上一直存在争议，目前医学界主要有两种说法：

伤寒说：

多数医学权威认为舒伯特死于伤寒。从1822年起，他的健康状况逐渐恶化，1828年11月19日去世时年仅31岁。

梅毒说：

也有部分研究提出梅毒可能是致死原因，但这一说法缺乏充分证据支持。

值得注意的是，舒伯特生前并未接受过系统的医学检查，且当时的医疗条件有限，导致具体死因难以确定。无论具体病因如何，舒伯特于1828年11月19日在维也纳哥哥费迪南德的公寓中去世，遵从其遗愿被葬于贝多芬墓旁。