黄巢的死因存在多种说法，以下是几种较为可信的解释：

自杀

《新唐书·黄巢传》记载，黄巢在兵败狼虎谷时，对外甥林言说：“你拿我的首级去献给唐朝，你可以得到富贵!”林言不忍心杀黄巢，于是黄巢自刎，但并未成功，最终林言斩下黄巢的首级，去投奔唐军，结果半路上被沙陀人杀掉，沙陀人又把黄巢和林言的首级献给唐廷。

被外甥杀死

《旧唐书·黄巢传》记载，黄巢率军进入泰山，到狼虎谷，黄巢的外甥林言斩下黄巢和二弟黄邺等七人的脑袋，连同其妻子一起押送徐州。

被尚让杀死

敦煌文书《肃州报告》记载，黄巢被尚让杀却，于西川进头。

综合以上几种说法，黄巢的死因存在一定的争议，但较为可信的解释是黄巢在兵败后选择自杀，而林言最终斩下他的首级并献给唐军。因此，可以得出结论，黄巢最终是被自己人（外甥林言）所杀，而非直接死于唐军之手。