在《长歌行》的剧情中，阿瑾的死亡方式存在漫画原著与电视剧的差异，具体如下：

漫画原著设定

阿瑾在玄武门事变中 自尽身亡。她因在书房外听到李建成与李元吉的陷害计划，连夜写信通知李世民，随后在事变中选择自杀，以此保护李世民。

电视剧改编

电视剧对部分情节进行了调整， 未明确提及阿瑾的死亡。剧中对李建成与阿瑾的关系处理较为模糊，但明确指出阿瑾在玄武门事变前已去世，李世民在事变后为悼念她而改姓李瑾。

两人关系补充

阿瑾本是回纥郡主，因被李建成强占而被迫嫁给他，后与李世民（当时为秦王）结缘并改姓李瑾。两人虽无明确对手戏，但剧情暗示彼此间存在深厚情感，李世民对阿瑾有特殊情感，而阿瑾亦心系李世民。

综上，若以漫画原著为准，阿瑾死于自杀；若以电视剧改编为准，则其死亡情节未明确展示。