余人师兄的残疾源于《择天记》中天海圣后逆天改命的设定，属于"母债子还"的因果关系。具体原因如下：

逆天改命的代价

天海圣后为夺取陈氏江山，祭天发誓孤苦终生、子嗣全亡。作为她唯一的子嗣，小婴儿余人侥幸存活并转世为陈长生。天海圣后的逆天改命行为触发了天道惩罚，导致余人天生残疾。

残疾的具体表现

少数资料显示，余人天生瞎右眼、缺右耳、腿跛，仅能使用左手且舌头被截断，无法说话。但需注意，不同版本（如电视剧）可能存在细节调整，部分剧情暗示其残疾可能通过修炼恢复。

身世与结局

少数资料显示，余人是昭明太子，因圣后视如故人，其身份与陈长生存在关联。小说中，他最终将皇位禅让给陈长生，并赠剑"无垢"予其。电视剧则对部分情节进行了改编，例如视觉残疾的设定可能有所调整。

综上，余人师兄的残疾是天海圣后逆天改命的直接后果，体现了小说中"天道轮回"的设定。